Un fantôme refait surface

Dans les années 97, Billy Coen était Lieutenant en Second chez les U.S. Marines. Envoyé avec une équipe de reconnaissance en Afrique pour s'occuper d'un village qui faisait office de camp d'entrainement de guérilleros, il se retrouva avec son équipe loin de l'objectif des suites d'une erreur de largage. Après une longue marche en territoire ennemis qui couta la vie à plusieurs membre de l'équipe. Les attaques ennemies, les pièges et la chaleur réduit le groupe à seulement quatre unités, mais ils parvinrent finalement à un village. Malheureusement, il ne s'agissait pas d'un cite d'entrainement, mais d'un simple village civil. Le supérieur de Billy ordonna alors l'extermination du village entier. Voulant s'opposer aux ordres de son supérieur, Billy fut assomé et le massacre eut lieu. De retour aux U.S.A, Billy fut accusé par Samuel Regan, son supérieur, d'avoir perpétré le meurtre des civils. Sa parole ayant d'avantage de poids que celle de Billy, celui-ci fut jugé coupable et condamné à la peine de mort.

Durant son transfère vers la base de Regathon où devait avoir lieu son exécution, le transport de Billy fut attaqué par des armes biologiques Cerberes dans la forêt d'Arklay et il fut le seul survivant, parvenant à s'enfuir en prenant possession d'une arme d'un des gardes. Il trouva alors refuge dans le Ecliptic Express, un train arrêté sur la voie pour des inconnues, où il fit la rencontre de Rebecca Chambers, une jeune recrue d'un groupe armé nommé S.T.A.R.S. avec qui il décidé de s'allier pour survivre bien que celle-ci ait pour ordre de l'abattre à vue, car le train était en fait rempli de zombies et d'armes biologiques. Pour des raisons inconnues, le train se remit en marche, et grâce à leurs actions conjointes, Billy et Rebecca parvinrent à le ralentir mais n'empêchèrent par l'accident lorsqu'ils entrèrent dans un tunnel les menant sous un étrange complexe. Le complexe, lui aussi rempli de zombies et autres créatures, se révéla être un centre de formation de la société Umbrella Corporation, et tout deux découvrirent les secrets de ces lieux, s'aidant et se sauvant mutuellement. Ce centre était autrefois géré par un certain docteur James Marcus, qui avait fait de grande avancées sur différents virus, notamment en en injectant dans des sangsues. Ils apprirent également que Marcus fut assassiné par ses deux disciples: William Birkin et Albert Wesker, mais alors qu'il allait mourir, une sangsue lui entra dans la bouche. Longtemps après, le corps de Marcus se régénéra et obtint divers pouvoirs. Billy et Rebecca durent faire face à divers pièges et créatures lancées par Marcus avant de finalement lui faire face tandis que William Birkin déclenchait l'autodestruction de la base. Dans leur fuite, Billy et Rebecca parvinrent à éliminer Marcus une fois pour toute et fuirent la base avant l'explosion.

Une fois sortis de la base, Rebecca pris les plaques d'identification que Billy portait autour du coup. Celui-ci était toujours recherché, elle utilisera ces plaques comme preuves de sa mort et le laissa finalement partir. Rebecca partit alors rejoindre le Manoir Arklay où elle espérait trouver de l'aide, tandis que Billy disparaissait aux yeux du monde.

Bien que Billy n'eut plus alors aucun réel contact avec les membre des S.T.A.R.S. , il continua un combat silencieux contre la société Umbrella. Entendant parler des évènements de Black River, il se fit engager comme garde du corps de la nouvelle directrice de Tricell afin de pouvoir rejoindre les lieux sans éveiller les soupçons.